福建理工大学应用物理研究所正式成立于2023年3月。研究所依托福建理工大学电子电气与物理学院新一代电子信息技术和电气工程两个专业学位硕士点，开展物理与应用领域、工程技术相结合的交叉科学研究和人才培养。目前主要有应用光学、量子物理与空间物理、应用加速器三个研究方向团队。
研究所承担国家自然科学基金、福建省自然科学基金，以及和中国科学院下属研究院或研究所合作的各类科研项目。自成立以来，已发表SCI、EI及核心期刊论文十余篇。研究所与中国科学院高能物理研究所、中国科学院国家空间科学中心、应急管理部国家自然灾害防治研究院等单位保持合作关系。其中，与中科院高能所已联合培养硕士研究生2人，主要参与江门中微子探测实验，负责反符合探测器的氡本底研究相关工作。