交通运输工程学科为福建省双一流学科、福建省重点学科、博士点培育学科，该学科现有“交通运输工程”学术型硕士点。学科主要研究方向包括“交通信息工程及控制”、“现代节能与新能源汽车技术”、“交通运输规划与管理”及“交通基础设施”等。
学科主要研究方向：
1.交通信息工程及控制方向
本学科方向重点研究车联网与交通大数据挖掘分析等关键技术、交通信息工程、智能控制理论与先进PID控制方法，本学科方向目前已汇聚海量的交通大数据资源，拥有该领域国家发明专利30余件，与航天科技、福建省交通信息通信中心等11家省内外优势企事业单位联合共建了福建省北斗导航与智慧交通协同创新中心，承担了福建省重大专项“北斗／GPS双模高精度定位技术研发及应用”等重大科研项目，本学科团队已培养了一批交通大数据挖掘应用领域的优秀硕士研究生并进入腾讯等知名企业工作。
2.现代节能与新能源汽车技术方向
以现代汽车与新能源汽车的设计、制造、服务为核心，针对汽车与工程车辆关键零部件总成的结构与控制系统问题，开展驱动总成技术、节能技术、混合动力技术、动力电池监测与管理技术等应用研究；针对现代汽车与新能源车辆的仿真、试验及测试问题，开展系统仿真、性能试验、动力台架试验、制动能回收试验、灯光测试、油耗测试等应用研究；针对现代汽车与新能源车辆的NVH问题，开展零部件振动模态分析、噪声源声强与声功率等噪声测试以及车身结构强度分析及优化等应用研究。该方向目前拥有教授2人、副教授5人、高级工程师3人、讲师3人。
3.交通运输规划与管理方向
本学科方向重点研究交通规划、管理与安全，交通运输与物流系统优化、港航物流规划与设计、交通运输风险监测与评价，交通经济与政策等，与福州市规划院等签署了战略合作协议并对福州市的交通规划提出了许多建设性的意见，承担了福州市市校合作重点项目“基于车联网技术的城市智慧交通组织管理与信息服务研究”等重点研究课题。
4.交通基础设施方向
本学科方向重点进行交通道路与桥梁工程新结构设计理论与产业化关键技术研究。现拥有国家级虚拟仿真实验教学中心、省土木工程新技术与信息化重点实验室、省土木工程新技术与信息化重点实验室、省高校闽台合作土木工程技术工程研究中心等科研平台，承担了多项国家自然科学基金项目、福建省自然科学基金项目, 福建省交通厅科技计划项目和福州市科技局市校合作课题等重大科研项目，与福建省交通规划设计研究院、福建省建筑科学研究院、福建省公路局、福建省交通科学研究所等省内知名企事业单位建立了长期深厚的产学研合作平台。